Описан рентгенофлуоресцентный метод количественного анализа сульфатной и общей серы в донных отложениях водотоков и водоемов, находящихся в зоне воздействия промышленных предприятий. Количественное определение форм серы производилось путем анализа формы характеристических линий SKα1,2 и SKβ1,3, а также линии-сателлита SKβ′ на рентгеновских эмиссионных спектрах, измеренных рентгенофлуоресцентным спектрометром с дисперсией по длине волны. Показано, что данные характеристические линии позволяют не только определить преобладающую форму серы, но и провести количественный анализ отдельно сульфатной, а также общей серы после подгонки пиков и отдельного анализа перекрывающихся друг с другом спектральных линий. Результаты количественного анализа химического состояния серы предложенным рентгенофлуоресцентным методом были сопоставлены с результатами атомно-эмиссионной спектроскопии с индуктивно связанной плазмой и элементного анализа, а также сертифицированными стандартными образцами донных отложений и почв и хорошо согласуются друг с другом.