Ограниченность данных о поведении примесных элементов при формировании рудных минералов в гидротермальных системах снижает их потенциал как индикаторов физико-химических условий рудообразования. Одним из наиболее распространенных сульфидов, способных концентрировать благородные металлы и другие ценные компоненты, является пирит. Изучено распределение ряда типоморфных элементов-примесей пирита при его кристаллизации в гидротермальных условиях при температуре 450 °С и давлении 1 кбар. Методами рентгеноспектрального микроанализа, сканирующей электронной микроскопии и масс-спектрометрии с индуктивно связанной плазмой и лазерной абляцией получены данные по формам нахождения, соотношениям содержаний и корреляционным связям примесных элементов в объеме и в поверхностном слое кристаллов пирита. Впервые определен параметр S селективности поверхностных фаз в отношении основных (Сo, Cu, Ni) и малых примесей (благородные металлы, As, Zn, Mn), который в среднем составил 1,9 (Сo), 2,1 (Cu), 1,3 (Ni), 4,2 (Pd), 18,5 (Au), 6 (As), 10,2 (Zn), 9,1 (Mn). Корреляционные связи между элементами существенно различны для поверхности и объема, что объясняется влиянием селективности поверхностных фаз. Двойственный характер корреляции Au и As позволяет рассматривать их связь как поверхностное явление. Палладий, критически важный металл, широко применяемый в химическом катализе и других областях технологии, обнаруживает необычное поведение в пирите, концентрируясь в основном в поверхности, что предполагает возможность попутного извлечения из пиритовых руд на золото-извлекательных предприятиях. Наблюдавшиеся корреляции рассмотрены с позиций вхождения примесных элементов в объемную структуру пирита и в составы эволюционирующих в процессе роста кристалла поверхностных фазоподобных образований (неавтономных фаз), обогащающихся несовместимыми элементами.