Нарымо-Бухтарминская впадина отделяет систему Южно-Алтайских хребтов от Горного и Рудного Алтая, Она представляет собой крупное депрессионное понижение четковидной формы, вытянутое в широтном направлении почти на 150 км при ширине от 1—2 до 10—12 км.