Возможности гидроакустических методов, широко применяемых при проведении инженерно-геофизических исследований в акваториях, ограничены при наличии газонасыщенных придонных отложений. В неблагоприятных условиях целесообразно применять электроразведочные методы. В статье рассмотрена эффективность современных электротомографических (ЭТ) технологий надводной и донной систем наблюдения для изучения геологических разрезов в прибрежных зонах акваторий. Синтезированы базовые геоэлектрические и электротомографические модели, позволяющие оценить влияние солености воды и литологического состава отложений на результаты морской электроразведки. Данные петрофизического моделирования показали, что наряду с воздействием минерализации поровой воды на соотношение значений удельного электрического сопротивления дисперсных грунтов значительное влияние оказывает минеральный состав глинистых минералов. Влияние проявляется в виде смещения положения точки инверсии значений удельного электрического сопротивления песчано-глинистых грунтов при увеличении значений емкости катионного обмена, свойственных различным минералогическим типам глин. Результаты численного моделирования электротомографических разрезов с надводной и донной системами наблюдения показали, что донная измерительная система обеспечивает получение достоверной информации о геоэлектрическом строении разреза песчано-глинистых отложений, а на разрезах, полученных по данным ЭТ съемки на поверхности воды, наблюдаются искажения структуры геоэлектрического разреза и проявляются ложные аномалии. Установлено преимущество донной ЭТ для изучения геологического строения морских прибрежных территорий. Экспериментальные работы в акватории Лужской губы Финского залива подтвердили эффективность применения донной ЭТ для повышения достоверности межскважинной геологической интерполяции при построении сводных геолого-геофизических разрезов. Применение донной ЭТ обеспечило непрерывное прослеживание геоэлектрических границ, соответствующих различным литологическим разностям придонных песчано-глинистых отложений.