Своевременное выявление и предотвращение нарушений в технологическом процессе сточных вод в результате реализации угроз разной природы является актуальной задачей. Современные системы снабжены большим количеством технологических датчиков. Данные этих датчиков могут использоваться для выявления аномалий в технологическом процессе. Их своевременное выявление, прогнозирование и обработка обеспечит непрерывность и отказоустойчивость технологического процесса. Цель исследования – повышение точности обнаружения таких аномалий. Предлагается методика выявления и последующей оценки рисков киберустойчивости технологического процесса очистки сточных вод, включающая оригинальное формирование обучающих наборов данных и выявление аномалий на основе методов глубокого обучения. Наличие обучающих наборов данных – необходимое условие эффективной работы методики. Отличительная особенность методики выявления аномалий – новый метод обработки данных технологических датчиков, который позволяет использовать вычислительно эффективные аналитические модели с высокой точностью обнаружения аномалий и превосходит результаты ранее опубликованных методов.