Подземные воды, являясь одним из источников водоснабжения, важнейшим полезным ископаемым и геополитическим ресурсом, в условиях нарастающего ухудшения качества поверхностных вод нередко становятся единственным источником обеспечения населения питьевой водой высокого качества, защищенным от загрязнения. Трансграничные подземные воды находятся в центре внимания исследователей-гидрогеологов по ряду причин, в том числе в связи с сокращением и загрязнением водных ресурсов в результате хозяйственной деятельности. Обострение противоречий между государствами из-за проблем с трансграничными водными ресурсами вызвало необходимость разработки международных правовых документов по вопросам, касающимся предотвращения конфликтов, связанных с водой, и устойчивого использования пресных вод. В рамках анализа проблемы правового регулирования добычи подземных вод из трансграничных водоносных горизонтов и комплексов предлагается рассмотреть данный аспект на примере России. Выявлены проблемы регулирования рационального использования и охраны пресной воды в двусторонних договорах Российской Федерации; разработана методика управления добычей подземных вод на территории трансграничного водоносного горизонта, определены размеры, параметры и факторы, влияющие на формирование трансграничной зоны (на основе исследований и анализа водозаборной деятельности в пограничных территориях Российской Федерации и Эстонской Республики).