Организация эффективной хозяйственной деятельности в Арктической зоне требует развития человеческого потенциала, транспортной инфраструктуры, освоения природных ресурсов при условии достижения максимума экологической безопасности хозяйственной деятельности. Для выбора предпочтительных направлений хозяйствования и обеспечения эффективности предпринимательской деятельности в Арктической зоне необходимы научные исследования с целью повышения эффективности промышленного освоения и рационального использования биологических, топливно-энергетических, минеральных, химических ресурсов океана и прибрежных районов Арктической зоны РФ. В статье обосновываются основные направления научных исследований с целью повышения эффективности хозяйственной деятельности для развития территории Арктики. Доказывается необходимость исследования экономических проблем рационального природопользования в Арктической зоне РФ на основе разработки системы ресурсно-оценочных показателей, их применение при формировании механизма рационального использования ресурсов с учетом охраны морской среды. Рассмотрены методологические и методические проблемы программно-целевого подхода к комплексному освоению ресурсов Арктической зоны РФ, формирования целевых программ, их промышленного освоения и рационального использования. Обоснована главная задача научных исследований в данном направлении – разработка методических основ формирования федеральных и региональных целевых программ изучения, освоения и рационального использования природных ресурсов Арктической зоны РФ. Исследована проблематика создания научно обоснованной иерархической системы программ и региональных нормативов, создание научно-информационного банка данных, других вопросов научно-методического характера.