В статье показана роль налога на добычу полезных ископаемых (НДПИ) в общей сумме налоговых доходов бюджета. Рассмотрены проблемы исчисления и уплаты данного налога, определения круга налогоплательщиков и четкого определения налогооблагаемой базы количества добытого полезного ископаемого. Рассматриваются вопросы рентного наполнения налогов на пользование природных ресурсов и проблемы грамотного определения рентной составляющей в расчете НДПИ жидких и газообразных углеводородов. Одной из важных проблем в исчислении НДПИ является несогласованность двух законов – «О недрах» и Налогового кодекса РФ (26 гл. НК РФ). Существует неоднозначность механизма определения объема добытых полезных ископаемых – с точки зрения Налогового кодекса РФ и закона «О недрах». Вторая проблема – необходимость внесения изменений в НДПИ по добыче нефти аналогично, как это было сделано по газодобыче, когда учитываются особенности каждого месторождения. Именно это даст основу для правильного определения природной ренты в отношении жидких и газообразных углеводородов. В статье предлагаются рекомендации для деятельности органов власти РФ в данном вопросе.