Изменения в водном и налоговом законодательстве обусловили необходимость приведения системы учета и оценки водных объектов и ресурсов в соответствие с их положениями. Возникла необходимость разработки рыночных элементов регулирования отношений в системе водопользования (водный налог, арендная плата) при сохранении рентных принципов оценки водных ресурсов. Основным инструментом, позволяющим реализовать дифференцированный подход к оценке качества водных объектов и ресурсов, является гидролого-экологическая экспертиза. Разработана методика классификации водоемов по критерию экологического благополучия водных экосистем, позволяющая получить поправочные коэффициенты к ставкам водного налога.
В свете текущих и грядущих перемен в системе управления водопользованием возникает объективная необходимость в качественной оценке водных объектов, основанной на рентных принципах. В этой связи возрастает роль гидролого-экологической экспертизы как способа для выявления и обоснования основных рентообразующих факторов, определяющих ценность водных объектов. Таким образом, гидролого-экологическая экспертиза становится конкретным инструментом управления водопользованием.