Для учета экологической составляющей эффективности инноваций в природопользовании предлагается классификация и анализ существующих методов ее расчета и авторский метод сгруппированных, дополненных и уточненных показателей оценки. Разработаны показатели ущербо- и отходоемкости предприятий и блок-схема принятия решений о природоохранном инвестировании.